La comunidad de Chanduy es una de las más antiguas de la península de Santa Elena, pues formó parte de la región Huancavilca. Sus habitantes dominaron el mar hasta convertirse en la quinta provincia marítima del Reino de los Shyris.
Antes que se dictara la ley que la Real Audiencia de Quito en 1563, los nativos de Chanduy se integraron para formar, en 1560, la antigua Comunidad Indígena de Chanduy, con la finalidad de conservar su propiedad, pero desapareció con la llegada de los españoles. Desde 1750, amparados en la Ley de Indias, Chanduy comienza a recuperar su territorio, mediante compras a las autoridades de la Corona Española, la extensión territorial integrada por las comunidades: Tugaduaga, Engunga, San Rafael, Manantial de Chanduy, El Real, Pechiche 1 y 2, Zapotal, entre otras.
Su iglesia, una de las más antiguas de la península, fue construida en 1734, impulsada por el obispo Andrés Paredes de Polanco y Armendáriz, jefe de la Diócesis de Quito. Su estructura era de guayacán y laurel, pero sucumbió ante la inclemencia del tiempo y fue reemplazada con una moderna en el mismo lugar, consagrada en 1990 por el arzobispo de Guayaquil, Juan Larrea Holguín.
Chanduy fue cuna del ex presidente José Luis Tamayo Terán, quien gobernó el país de 1920 a 1924. También lo es del historiador José Villón Torres, autor de cuatro libros, quien relató la historia de su pueblo.